循環冷卻水中的微生物來自兩個方面。一是冷卻塔在水的蒸發過程中需要引入大量的空氣,微生物也隨空氣帶入冷卻水中,二是冷卻水系統的補充水或多或少都會有微生物,這些微生物也隨補充水進入冷卻水系統中。藻類在日光的照射下,會與水中的二氧化碳、碳酸氫根等碳源起光合作用,吸收碳素作營養而放出氧,因此,當藻類大量繁殖時,會增加水中溶解氧含量,有利于氧的去極化作用,腐蝕過程因此而加速。微生物在循環水系統中的大量繁殖,會使循環水顏色變黑,發生惡臭,污染環境。同時,會形成大量黏泥使冷卻塔的冷卻效率降低,木材變質腐爛。黏泥沉積在換熱器內,使傳熱效率降低和水頭損失增加,沉積在金屬表面的黏泥會引起嚴重的垢下腐蝕,同時它還隔絕了緩蝕阻垢劑對金屬的作用,使藥劑不能發揮應有的緩蝕阻垢效能。微生物黏泥除了會加速垢下腐蝕外,有些細菌在代謝過程中,生物分泌物還會直接對金屬構成腐蝕。所有這些問題導致循環水系統不能長期安全運轉,影響生產,造成嚴重的經濟損失,因此,微生物的危害與水垢、腐蝕對冷卻水系統的危害是一樣的嚴重,甚至可以說,三者比較起來控制微生物的危害是首要的。